নিয়োগের শর্তে বলা হয়েছে, যোগদানের তারিখ থেকে চার বছর অথবা অবসর গ্রহণের তারিখের মধ্যে যেটি আগে হবে, ততদিন তিনি উপাচার্য পদে দায়িত্ব পালন করবেন। এর আগে বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হিসেবে প্রফেসর ড. শেখ বখতিয়ার উদ্দীন দায়িত্ব পালন করেছেন।

বিশ্ববিদ্যালয়টি আগামী শিক্ষাবর্ষে দুটি বিভাগে শিক্ষার্থী ভর্তির মাধ্যমে একাডেমিক কার্যক্রম শুরু হবে। ড. তোজাম্মেল হোসেন মেহেরপুর বিশ্ববিদ্যালয়ের তৃতীয় উপাচার্য হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণ করবেন। আওয়ামী লীগ সরকারের সময় রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রফেসর ড. রবিউল ইসলামকে প্রথম উপাচার্য হিসেবে নিয়োগ দেওয়া হয়। পরবর্তীতে অন্তবর্তী সরকার দায়িত্ব নেওয়ার পর চট্রগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রফেসর ড. বখতিয়ার উদ্দিন বিশ্ববিদ্যালয়ের দ্বিতীয় উপাচার্য হিসেবে দায়িত্বভার গ্রহন করেন। বর্তমান সরকার ক্ষমতায় আসার পর এ বিশ্ববিদ্যালয়ের জন্য উপাচার্য হিসেবে ড. মোঃ তোজাম্মেল হোসেনকে নিয়োগ দেওয়া হয়। বিশ্ববিদ্যালয়টির একাডেমিক কার্যক্রম চালু না হলে ও তৃতীয় বারের মতো উপাচার্য পরিবর্তন করা হলো।